Le Canada parmi les premiers à introduire l’Efficience alimentaire

{Source : communiqué de presse de Lactanet}

La semaine du 9 avril a marqué un important moment phare dans l’histoire des services d’amélioration des bovins laitiers au Canada alors que Lactanet a introduit les premières évaluations génétiques de l’Efficience alimentaire dans la race Holstein.

L’alimentation représente une importante dépense dans chaque ferme laitière et constitue plus de la moitié des frais de production à la ferme. Certains animaux sont plus efficaces pour convertir les aliments dans la mangeoire en lait dans le réservoir – la principale source de revenu des producteurs laitiers. La nouvelle évaluation de l’Efficience alimentaire de Lactanet est axée sur la sélection en vue d’une efficience biologique améliorée sans que cela affecte les niveaux de production ou la taille corporelle, et vise à minimiser le stress pendant la période de transition.

« Nous sommes très fière du lancement de la nouvelle évaluation génomique de l’Efficience alimentaire qui positionne le Canada parmi les leaders mondiaux et qui donne à la sélection génétique l’occasion d’améliorer l’efficience de la production des bovins laitiers », a déclaré Neil Petreny, chef de la direction de Lactanet, « et de permettre aux producteurs laitiers canadiens de réaliser des économies supplémentaires dans leurs activités quotidiennes ». La présidente du conseil d’administration de Lactanet, Barbara Paquet, a ajouté, « Le conseil d’administration reconnaît et apprécie le temps et les efforts considérables que le personnel de Lactanet, d’autres membres du personnel de l’industrie et l’équipe hautement qualifiée de chercheurs scientifiques engagés dans cette initiative ont investis pour atteindre ce résultat concluant essentiel ».

Le lancement des évaluations de l’Efficience alimentaire a été rendu possible dans le cadre d’un projet de recherche international à grande échelle qui s’est échelonné de 2015 à 2020. Ce projet intitulé Efficient Dairy Genome Project a fait l’objet d’une collaboration dirigée par le Canada à laquelle ont participé Lactanet en tant que principal partenaire financier de l’industrie et une équipe de recherche conjointe de l’Université de Guelph et de l’Université de l’Alberta. Cette initiative de 10,3 M$ a aussi reçu une aide financière très appréciée de Génome Canada, de Genome Alberta, d’Ontario Genomics, des ministères de l’Agriculture de l’Alberta et de l’Ontario et du ministère des Collèges et des Universités de l’Ontario. Seulement quatre mois après l’achèvement de ce projet, Lactanet met cette plus récente innovation de premier plan en matière de recherche à la disposition des fermes laitières dans l’ensemble du Canada sous la forme d’évaluations génétiques de l’Efficience alimentaire.

Au départ, les évaluations de l’Efficience alimentaire sont disponibles seulement pour les taureaux génotypés en I.A. et pour les femelles dans des troupeaux inscrits aux services de contrôle laitier de Lactanet, mais tous les propriétaires de troupeaux canadiens y auront accès d’ici la fin de l’année. Pour chaque hausse de cinq points dans l’évaluation de l’Efficience alimentaire d’un taureau, l’ingestion totale de matière sèche de ses filles après le pic de lactation devrait diminuer de 60 kg sans affecter les niveaux de production ou le poids corporel – à chaque lactation.

Pour plus de renseignements, communiquez avec : Brian Van Doormaal, chef des services
bvandoormaal@lactanet.ca

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RAPPEL – Ayez votre mot à dire sur la recherche laitière canadienne : répondez à un sondage pour aider les PLC à établir les priorités de recherche stratégiques pour l’avenir

Il est encore le temps d’avoir votre mot à dire sur la recherche laitière canadienne! Le sondage sur les priorités futures de recherche des Producteurs laitiers du Canada (PLC) est ouvert jusqu’au 23 avril 2021.

Les PLC invitent les producteurs laitiers, les intervenants ainsi que la communauté scientifique et professionnelle du secteur à participer à un sondage en ligne pour cibler les priorités de recherche et ainsi mettre à jour leur Stratégie nationale de recherche laitière. La nouvelle stratégie orientera les investissements en science au cours des cinq prochaines années.

Votre participation au sondage est essentielle à la croissance et à l’innovation dans le secteur. Les PLC investissent environ 2 millions de dollars par année en recherche sur la production laitière et la nutrition et la santé humaine. Et grâce à des programmes de financement de contrepartie et à la contribution de partenaires visant à accroître les investissements en recherche, ce montant est bonifié pour atteindre environ 8 millions de dollars par année.

Vous aurez besoin d’environ 15 minutes pour le remplir. Les réponses demeureront confidentielles et seront agrégées. Par ailleurs, les participants auront l’option d’inscrire leur nom et leur courriel pour participer à un tirage dont les prix seront les suivants : un chèque-cadeau de 200 $ de Lactanet et trois chèques-cadeaux de 50 $ à utiliser dans la Boutique la vache bleue des PLC.

N’hésitez pas à diffuser le lien du sondage au plus grand nombre de personnes possible et encourager vos collègues du secteur laitier à faire part eux aussi de leur avis!

Certaines vaches sont-elles génétiquement susceptibles à la paratuberculose?

Un projet de recherche mené par Nathalie Bissonnette (Agriculture et Agroalimentaire Canada [AAC]-Sherbrooke) et Kapil Tahlan (Memorial University of Newfoundland) explore des marqueurs génétiques qui pourraient être associés à la susceptibilité ou à la résistance à la paratuberculose chez les animaux laitiers. Le projet, intitulé Élucider la susceptibilité génétique à la paratuberculose, est financé par AAC et Lactanet, et des contributions en nature sont offertes par Holstein Canada dans le cadre de la Grappe de recherche laitière 3. 

Pour les producteurs laitiers, cette maladie entraîne des pertes financières associées à la réduction de la production laitière, une diminution des taux de gestation, une hausse des mises à la réforme prématurées et des effets sur le bien-être animal global. Les pertes économiques annuelles associées à la paratuberculose pour le secteur laitier canadien ont récemment été estimées à 21,5 à 34,1 millions de dollars[1].

Le pathogène principal causant la paratuberculose est Mycobacterium avium de la sous-espèce paratuberculosis (MAP). Des outils de gestion sont en place pour réduire la propagation de la paratuberculose au Canada. Par exemple, en mettant en œuvre le volet Biosécurité de proActionMD, les producteurs laitiers travaillent avec leur vétérinaire en vue d’atténuer les risques d’introduire des maladies animales existantes et émergentes dans leur ferme et ainsi de protéger la santé du troupeau. Cependant, il est difficile de contrôler la paratuberculose en raison de la progression imprévisible de la maladie et de la faible sensibilité des tests diagnostiques.

Des recherches antérieures ont montré le potentiel de la sélection de bovins génétiquement résistants à la paratuberculose pour réduire la prévalence de cette maladie chez ces animaux. Cette application novatrice pourrait servir de complément aux outils utilisés par les producteurs de pair avec les stratégies de gestion visant à prévenir les infections.

Sur une période de cinq ans, Nathalie Bissonnette et ses collaborateurs ont recueilli des échantillons de sérum et de fèces sur 3 150 vaches. L’équipe a utilisé ces données ainsi que d’autres tests diagnostiques pour définir un système de classification et identifier les animaux comme étant infectés et infectieux, infectés et présumés résistants, ou sains (sans trace d’infection). Avec cet ensemble de données unique, l’équipe a pu modéliser le profil de vaches résistantes à la paratuberculose et de les différencier de celles qui, accompagnées d’une excrétion marqué du pathogène dans leur fumier, développeraient ultimement la paratuberculose. Les chercheurs génotypent également des vaches au moyen de deux méthodes de génotypage éprouvées (c.-à-d. le panel de polymorphismes mononucléotidiques [SNP] et le génotypage par séquençage) et analysent également le profil épigénétique des vaches susceptibles. À ce jour, l’équipe a identifié des marqueurs génétiques et épigénétiques associés à la susceptibilité de développer la paratuberculose.

Dans des publications récentes, les chercheurs ont confirmé la présence de modifications génétiques[2],[3] et les effets épigénétiques[4],[5],[6] associés à la paratuberculose. De plus, des analyses ont été menées afin d’étudier les marqueurs in vitro[7],[8] et la tolérance immunitaire à la paratuberculose au moyen de macrophages primaires bovins[9]. D’autres recherches sont en cours sur une deuxième population de vaches laitières et confirmeront l’utilité des marqueurs génétiques en vue d’une sélection basée sur la tolérance/résistance à la paratuberculose.

L’équipe étudie aussi la diversité génétique des souches de MAP à l’aide d’outils validés[10] et classifie les variants de MAP provenant d’animaux présentant différents profils de la maladie et ce, de plusieurs fermes au Canada. Ces analyses permettront de définir quels facteurs affectent le rendement de tests diagnostiques et expliquent la progression de la maladie. Ces travaux en cours visant à identifier des variants de MAP qui pourraient être plus virulents seront fondamentaux dans le cadre du développement d’un programme de vaccination fructueux.

APERÇU DU PROJET 

Chercheurs principaux : Nathalie Bissonnette (Agriculture et Agroalimentaire Canada [AAC]-Sherbrooke) et Kapil Tahlan (Memorial University of Newfoundland) 

Co-chercheurs : Eveline Ibeagha-Awemu (AAC-Sherbrooke), David Kelton, Flavio Schenkel (University of Guelph), Gilles Fecteau (Université de Montréal), Franck Biet (Institut national de la recherche agronomique – France) 

Budget total : 1 019 988 $ 


[1] Rasmussen P, Barkema HW, Mason S, Beaulieu E, Hall DC: Economic losses due to Johne’s disease (paratuberculosis) in dairy cattleJ Dairy Sci 2021. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030221000461

[2] Mallikarjunappa S, Schenkel FS, Brito LF, Bissonnette N, Miglior F, Chesnais J, Lohuis M, Meade KG, Karrow NA: Association of genetic polymorphisms related to Johne’s disease with estimated breeding values of Holstein sires for milk ELISA test scoresBMC Vet Res 2020,16(1):165. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32460776

[3] Bissonnette N, Marete A, Kelton D, Schenkel F, Ibeagha-Awemu E, Fecteau G, Miglior F: Conditional GWAS using sequence-based genotypes for susceptibility to Mycobacterium avium subsp paratuberculosis infection in Canadian HolsteinJ Anim Sci 2020, 98(4): https://doi.org/10.1093/jas/skaa278.032.

[4] Ibeagha-Awemu E, Bhattarai S, Dedemaine PL, Wang M, McKay SD, Zhao X, Bissonnette N: Genome wide DNA methylation analysis reveals role of DNA methylation in cow’s ileal response to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosisJ Anim Sci 2020, 98: https://doi.org/10.1093/jas/skaa278.471.

[5] Ibeagha-Awemu E, Bhattarai S, Dudemaine PL, Wang M, McKay SD, Zhao X, Bissonnette N: DNA methylome wide profile associates differentially methylated loci and regions with cow’s ileal lymph node response to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis. Journal of Animal Science 2020, 98(4): https://doi.org/10.1093/jas/skaa278.071.

[6] Marete A, Ariel O, Ibeagha-Awemu E, Bissonnette N: Identification of long non-coding RNA associated with bovine Johne’s disease using a combination of neural networks and logistic regressionFrontiers in veterinary science 2021, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fvets.2021.639053/abstract.

[7] Mallikarjunappa S, Shandilya UK, Sharma A, Lamers K, Bissonnette N, Karrow NA, Meade KG: Functional analysis of bovine interleukin-10 receptor alpha in response to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis lysate using CRISPR/Cas9BMC Genet 2020, 21(1):121. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33138773

[8] Ariel O, Brouard JS, Marete A, Miglior F, Ibeagha-Awemu E, Bissonnette N: Genome-wide association analysis identified both RNA-seq and DNA variants associated to paratuberculosis in Canadian Holstein cattle ‘in vitro’ experimentally infected macrophagesBMC Genomics 2021, 22(1):162.   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33678157

[9] Ariel O, Gendron D, Dudemaine PL, Gevry N, Ibeagha-Awemu EM, Bissonnette N: Transcriptome Profiling of Bovine Macrophages Infected by Mycobacterium avium spp. paratuberculosis Depicts Foam Cell and Innate Immune Tolerance PhenotypesFront Immunol 2019, 10:2874. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31969876

[10] Byrne AS, Goudreau A, Bissonnette N, Shamputa IC, Tahlan K: Methods for Detecting Mycobacterial Mixed Strain Infections-A Systematic ReviewFront Genet 2020, 11:600692. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33408740