Est-ce que « le phénotype est roi » dans cette ère de la génomique?

{Le texte qui suit est un extrait d’un article de transfert préparé par le Réseau laitier canadien intitulé, « Valeur de la classification pour la conformation dans l’ère de la génomique » publié le 30 avril 2019. Pour un accès à l’article au complet, cliquez ici : https://www.cdn.ca/francais/document.php?id=524}

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De nombreux chercheurs partout dans le monde ont déclaré que « le phénotype est roi! » dans cette ère de la génomique. Qu’est-ce que cela signifie concrètement? Au Canada, ce sujet a suscité de récentes discussions, particulièrement en ce qui concerne la valeur des données de classification pour la conformation. Au Réseau laitier canadien (CDN), nous avons examiné de plus près les principales questions posées par les éleveurs pour être en mesure de préciser la valeur des génotypes par rapport aux phénotypes (données de performance) dans le contexte actuel de la sélection des bovins laitiers.

Si la classification de la mère d’un taureau a si peu d’impact sur la précision de l’évaluation génomique de son fils, pourquoi la classification pour la conformation est-elle importante? Pourquoi les chercheurs soutiennent-ils que le « phénotype est roi? ».

On peut répondre à cette question de deux façons.

Premièrement, de façon générale, la précision de tout système d’évaluation génomique dépend de la collecte continue de données de bonne qualité (phénotypes) sur une base continue. Même après l’élaboration et la mise en place d’un système d’évaluation génomique, de telles données phénotypiques sont requises d’une année à l’autre pour que les prédictions génomiques demeurent pertinentes.

La deuxième raison de la collecte de phénotypes est plus spécifique au troupeau de chaque éleveur. Chaque génisse née à la ferme débute avec une Moyenne des parents représentant la première estimation de son potentiel génétique. Cette estimation du mérite génétique d’un animal sert d’indicateur de ceux dont le niveau de performance devrait être le plus élevé dans le troupeau en lactation. Après la naissance, il y a deux façons d’améliorer la précision de cette première estimation. En soumettant une génisse au génotypage, sa Moyenne des parents (MP) peut être remplacée par sa Moyenne des parents génomique (MPG). Toutefois, au cours de sa vie, la mesure de la propre performance de chaque animal contribue aussi à estimer son mérite génétique, qu’il ait été génotypé ou non. Par exemple, faire classifier tous les animaux en première lactation dans votre troupeau entraîne des changements dans leur indice en Conformation puisqu’ils passent d’une Moyenne des parents (MP) à une Valeur d’élevage estimée (VÉE). La Figure ci-dessous indique la distribution des changements qui se produisent en Conformation lorsqu’une génisse MP devient VÉE après avoir été classifiée en première lactation. La moitié de toutes les génisses subissent un changement d’au moins 1 point à la hausse ou à la baisse une fois qu’elles ont été classifiées, et certaines obtiennent jusqu’à ±8 points dans leur évaluation génétique en Conformation. Le fait de classifier les vaches de votre propre troupeau reclassera vos vaches et vos familles de vaches, ce qui peut avoir une incidence importante sur vos décisions de remplacement et d’élimination de génisses.

Distribution du changement dans l’indice en Conformation en ajoutant la propre classification d’un animal (sans la génomique)

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Comme prévu, si les génisses sont génotypées et si la MP est remplacée par une MPG, l’ajout de leur phénotype de classification en première lactation a alors moins d’impact que la distribution indiquée à la Figure. Cela étant dit, il y a encore 20 % des génisses qui subissent un changement dans leur indice en Conformation qui se chiffre à 2 points ou plus.

La génomique a changé beaucoup de choses associées aux schémas de sélection des bovins laitiers. La génétique offerte par les compagnies d’insémination artificielle par le biais de leurs jeunes taureaux génomiques a atteint des sommets incroyables entraînant (a) un accent sur la réduction des intervalles entre les générations, (b) le doublement de la part de marché de la semence occupée par les jeunes taureaux et (c) plus du double du taux annuel de progrès génétique. Ces changements importants ont aussi mené à la diminution de l’information complète disponible dans les généalogies des jeunes taureaux par rapport aux décennies précédentes, notamment les données de performance des mères de taureaux. Même si cette tendance est indésirable du point de vue de l’intégralité de la généalogie pour les filles résultantes, l’impact sur la précision des décisions de sélection est mineur. D’autre part, les propriétaires de troupeaux doivent comprendre les avantages et la valeur de la poursuite de la collecte de données de performance, comme la production et la classification, pour leur troupeau en lactation. Ces données servent à valider et/ou à améliorer les prédictions des évaluations génétiques utilisées pour prendre d’importantes décisions en matière de sélection et d’accouplement.

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